Michele ScardiProfessore
di
Ecologia
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Corso di Metodologie Ecologiche 2
Contenuti
Informazioni generali e programma
Il corso si svolge nel primo semestre per gli studenti del II anno del corso di Laurea Magistrale in Ecologia ed Evoluzione, per un totale di 6 CFU di lezioni frontali ed esercitazioni.Il programma del corso, che è meglio illustrato dalle slides utilizzate durante le lezioni, comprende una revisione dei concetti e dei parametri statistici di base, una breve panoramica sui test statistici univariati parametrici e non parametrici, un'ampia presentazione dei meotdi multivariati applicati all'ecologia, con particolare riguardo all'analisi della struttura delle comunità. In quest'ambito vengono presentate le misure di similarità e di distanza, i meotdi di clusterng e di ordinamento e tutti i principali test multivariati basati su permutazioni. Infine, viene presentata una panoramica dei metodi di Machine Learning applicati all'ecologia (reti neurali, classification trees, etc.).
Le lezioni si tengono nella Serra 3 del Laboratorio di Ecologia Sperimentale ed Acquacoltura in un solo giorno alla settimana, per una durata complessiva di 4 ore, dalle 9 alle 13. Le prime due ore sono dedicate ad una lezione teorica sull'argomento del giorno, mentre le successive due sono dedicate ad un'esercitazione pratica su questo stesso argomento. Per questo motivo è raccomandabile avere con sè il proprio computer portatile. Coloro che ne fossero sprovvisti potranno affiancare i colleghi e seguire comunque tutte le attività in piccoli gruppi di due o tre unità.
Esami
Tutti gli studenti dovranno svolgere un test di fine corso come prova d'esame. Il test potrà essere eseguito dove e quando ciascuno studente preferisce, e facendo quindi ricorso a tutte le risorse disponibili, esattamente come nel caso in cui un problema di analisi di dati dovesse essere affrontato in un contesto operativo reale.I test di fine corso possono essere scaricati dai links che seguono. A fianco del numero del test, in parentesi, c'è il nome di quello fra di voi a cui è stato assegnato per l'A.A. corrente. Se non siete fra quelli a cui il test è stato già assegnato, scrivetemi o chiamatemi (335-6795190) per accordi.
In tutti i casi il test è un file Excel con dei dati ed una breve spiegazione su cosa fare. Non c'è un tempo prefissato per completare la prova, che dovrà essere presentata in un breve documento di Word con le figure o tabelle necessarie e qualche commento sintetico. In caso di dubbi, non esitate a contattarmi. I test per il 2008-2009 sono i seguenti:
test 1 (Leone),
test
2 (Cota Del Valle), test
3 (Di Marco), test
4 (Reale), test
5 (Corsi), test
6 (Blazquez), test
7 (Franzetti), test
8 (Pericoli), test
9 (Tocci), test
10 (Cocchi), test
11 (Impei), test
12 (Serio), test
13 (da assegnare), test
14 (da assegnare), test
15 (da assegnare), test
16 (da assegnare), test
17 (da assegnare), test
18 (da assegnare), test
19 (da assegnare), test
20 (da assegnare)
Slides
Le slides che avete visto/vedrete a lezione sono disponibili in formato PDF. Questo rende i files più "leggeri", ma purtroppo qualche animazione andrà persa. Le slides che vedremo a lezione potranno essere differenti da queste, ma in questo caso sarà immediatamente disponibile la versione aggiornata. Ecco gli argomenti, nell'ordine in cui sarano trattati:
- parametrici statistici di base, test parametrici di base
- test non-parametrici
- regressione e correlazione
- distribuzione spaziale e stima della densità degli organismi
- misure di diversità
- misure di distanza e similarità
- tecniche di clustering
- tecniche di ordinamento
- metodi basati su permutazioni
- cenni su modelli matematici avanzati (attenzione, circa 8 Mb)
Software
Tutte le esercitazioni relative ai metodi di cui parleremo saranno effettuate con l'aiuto di PAST, un programma disponibile gratuitamente in rete. Nel sito troverete anche la documentazione ed altri documenti interessanti.
Durante il corso simuleremo un campionamento di macrozoobenthos utilizzando SimBenthos. Per installare il programma, dezippate in una cartella qualsiasi il file che avrete scaricato ed eseguite Setup, che vi guiderà nell'installazione
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